Nacido en el castillo de Sales (Ducado de Saboya, actual Alta Saboya, Francia) en el seno de una familia aristocrática, a los 13 años se desplazó a París para formarse junto a los jesuitas. Tras ello, Francisco cursó estudios de Derecho y Teología, primero en la Universidad de París (La Sorbona) y después en la Universidad de Estudios de Padua, en la actual Italia.
Concluida su educación, y ante la gran sorpresa de su familia, se produjo un importante acontecimiento: el canónigo de Sales, con la ayuda del obispo de Ginebra, mantuvo conversaciones directas con el papa, que nombró al futuro santo deán del capítulo de Ginebra en 1593. Así, y tomando como modelos de conducta a san Francisco de Asís y a san Felipe Neri, inició su sacerdocio a los 26 años de edad.
Sus primeras labores eclesiásticas pasaron por evangelizar a los protestantes de la región de Chablais, que recientemente se había restituido al Ducado de Saboya. Para ello, se vio obligado a llevar una vida nómada, durmiendo frecuentemente a la intemperie y exponiéndose a grandes peligros: los más graves, dos tentativas de asesinato. Pero no cejó en su empeño y, tras el éxito de la misión, Francisco de Sales fue nombrado coadjutor en el obispado de Ginebra en 1599. Tres años más tarde, tras la muerte del nuncio Claudio de Granier, fue ordenado obispo de Ginebra.
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